به نوشته روزنامه جمهوری اسلامی این مصوبه از جهات مختلف دارای اشکال است.
اولین اشکال اینست که نوعی قانونگذاری است در حالی که قانونگذاری طبق قانون اساسی برعهده مجلس شورای اسلامی است. اصل 58 قانون اساسی میگوید: «اِعمال قوه مقننه از طریق مجلس شورای اسلامی است که از نمایندگان منتخب مردم تشکیل میشود و مصوبات آن... برای اجرا به قوه مجریه و قضائیه ابلاغ میگردد.» اصل 71 نیز میگوید: «مجلس شورای اسلامی در عموم مسائل در حدود مقرر در قانون اساسی میتواند قانون وضع کند.» به موجب این دو اصل، وضع قانون در انحصار مجلس شورای اسلامی است و هیچ دستگاه دیگری حق این کار را ندارد.
اشکال دوم اینست که آنچه در مصوبه تجمیعی-تکمیلی آمده، شامل تمام حقوق دانشجویان، اساتید و اعضاء هیأت علمی دانشگاهها و مراکز آموزشی و پژوهشی میشود و طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی، تنها مرجع رسیدگی به شکایات مردم درباره تضییع حقوقشان، دستگاه قضائی است و محروم کردن این دستگاه از انجام این کار خلاف قانون اساسی است.
سومین اشکال اینست که تجدید نظر درباره اموری که وزارتین یا دانشگاه آزاد اسلامی درباره آنها تصمیم میگیرند به خود آنها واگذار شده و این به معنای شکایت بردن از متهم به خود متهم است، امری که از نظر حقوقی بهیچوجه قابل توجیه نیست.
اشکال چهارم اینست که هیچیک از بخشهای زیرمجموعه قوه قضائیه حق ندارند آنچه قانون اساسی به عنوان وظیفه برعهده آنها گذاشته است را به قوه دیگری واگذار و خود را نسبت به آن مسلوبالاختیار کنند. به همین دلیل اصل پیشنهاد معاونت حقوقی قوه قضائیه و دیوان عدالت اداری برای سلب صلاحیت در زمینه رسیدگی به تصمیمات آموزشی و پژوهشی خلاف قانون اساسی است.
و مهمترین اشکال و ایراد اینست که مراکزی که رؤسای قوای سهگانه در آنها حضور دارند نباید تصمیماتی بگیرند که با قانون اساسی سازگاری ندارند. این ایراد، شامل شورای عالی انقلاب فرهنگی، شورای عالی اقتصادی سران قوا و هر مجموعه دیگری است که درصدد تصویب قانون یا لغو و حذف بخشی از قانون برآیند. انتظار از سران قوا پاسداری از قانون اساسی است نه اقدامی که با قانون اساسی مغایرت داشته باشد. هر مصوبهای که خلاف قانون اساسی باشد غیرقانونی است حتی اگر به اتفاق آراء سران قوا باشد.