پس از قهرمانی نفت تهران علی دایی یک خبر بد برای هواداران داشت و آن هم پایان همکاری او پس از یک سال با این باشگاه بود.
دایی با نفت تهران نیم فصل اول را با شرایط خوبی پشت سر گذاشت اما در نیم فصل دوم تیمی که به قول علی دایی صاحبش مشخص نبود در میانه های جدول به کارش در لیگ شانزدهم پایان داد.
آنها در جام حذفی خوب کار کردند و با شکست تراکتورسازی قهرمان این دوره شدند. پس از پایان این بازی علی دایی رسما جدایی خود از این باشگاه را اعلام کرد و او نشان داد با مشکلاتی که در این باشگاه موجود است تصمیمی برای همکاری با نماینده ی ایران در فصل آینده ی لیگ قهرمانان آسیا را ندارد