به موجب مصوبه مجلس، بهمنظور تحقق صرفهجویی در هزینههای عمومی، اصلاح نظام درآمدی دولت و همچنین قطع وابستگی بودجه به نفت تا پایان برنامه:
۱- برقراری هرگونه تخفیف، ترجیح و یا معافیت مالیاتی جدید طی سالهای اجرای برنامه ممنوع است.
۲- عوارض موضوع ماده ۳۸ قانون مالیات بر ارزش افزوده و بندهای آن و نیز عوارض آلایندگی موضوع تبصره (۱) ماده مذکور و عوارض ارزش افزوده گاز طبیعی و عوارض شمارهگذاری خودروها به شرح زیر در مورد بند الف، ب و ج توسط سازمان مالیاتی کشور توزیع میگردد:
الف) عوارض وصولی موضوع بند (الف) ماده ۳۸ قانون مالیات بر ارزش افزوده، با رعایت ترتیبات قانونی و پس از کسر وجوه مقرر در قانون مذکور و واریز به حساب تمرکز وجوه آن استان نزد خزانه داری کل کشور از طریق حساب رابطی که بنا به درخواست سازمان امور مالیاتی کشور توسط خزانه داری کل کشور افتتاح میشود، به نسبت هفتاد درصد (۷۰%) شهرها و سی درصد (۳۰%) روستاها و مناطق عشایری بر اساس شاخص جمعیت به حساب شهرداریها و دهیاریها واریز میگردد. سهم روستاهای فاقد دهیاری به حساب فرمانداریهای شهرستان مربوط واریز میگردد تا با مشارکت بنیاد مسکن انقلاب اسلامی در همان روستاها هزینه شود.
تبصره- عوارض وصولی موضوع این بند نیاز به طی مراحل تخصیص نداشته و حداکثر تا پانزدهم ماه بعد با تخصیص ۱۰۰ درصد به حساب شهرداریها و دهیاریها واریز میگردد.
ب) عوارض موضوع بندهای (ب)، (ج) و (د) ماده ۳۸ قانون مالیات بر ارزش افزوده و همچنین عوارض شمارهگذاری خودروها موضوع بند (ج) ماده (۴۳) قانون مذکور به حساب تمرکز وجوه نزد خزانهداری کل کشور واریز میشود. وجوه مذکور حداکثر تا پانزدهم ماه بعد به نسبت دوازده درصد (۱۲%) سهم کلانشهرها، پنجاه و سه درصد (۵۳%) سایر شهرها، و سی و پنج درصد (۳۵%) روستاها و مناطق عشایری بر اساس شاخصهایی که به موجب دستورالعملی که توسط سازمان و وزارت کشور ابلاغ میشود، محاسبه و بین شهرداریها و دهیاریها توزیع میگردد. سهم روستاهای فاقد دهیاری، به حساب فرمانداری شهرستان مربوطه واریز خواهد شد تا حسب مقررات و مصوبات کمیتههای برنامهریزی شهرستانها صرف امور عمران و آبادانی همان روستاها و مناطق عشایری شود. همچنین سی درصد (۳۰%) عوارض ارزش افزوده دریافتی از واحدهای تولیدی مستقر در شهرکها و نواحی صنعتی شهرستانها برای تأمین زیرساختها و ارائه خدمات در آنها و تکمیل پروژههای نیمهتمام شهرکها و نواحی صنعتی استان، در اختیار شرکت شهرکهای صنعتی استان قرار میگیرد.این سهم از مبلغ مربوط به شهرهای استان به نسبت کسر میگردد.
تبصره- پنج درصد (۵%) از ۳۰ درصد از مبلغ موضوع این سهم جهت ارائه خدمات مربوطه در همان شهرکها در اختیار شرکتهای خدماتی موضوع قانون نحوه واگذاری، مالکیت و اداره امور شهرکهای صنعتی مصوب ۱۳۸۷ قرار می گیرد. شرکتها و نواحی صنعتی غیردولتی نیز مشمول این حکم هستند. در طول برنامه ششم بر اساس جزء ۲ ماده ۳۹ قانون مالیات بر ارزش افزوده حاکم است.
ج) عوارض آلودگی واحدهای تولیدی موضوع تبصره یک ماده ۳۸ قانون مالیات بر ارزش افزوده در هر شهرستان به نسبت جمعیت بین شهرداریها، دهیاریها و فرمانداریهای( برای روستاهای فاقد دهیاری) همان شهرستان توزیع میگردد. در صورتی که آلودگی واحدهای بزرگ تولیدی(پنجاه نفر و بیشتر) به بیش از یک شهرستان در یک استان سرایت کند، عوارض آلودگی براساس سیاستهای اعلامی سازمان به نسبت تاثیرگذاری، در کمیته ای مرکب از رئیس سازمان برنامه و بودجه استان و فرمانداران شهرستان های ذیربط، مدیرکل محیط زیست و مدیرکل امور مالیاتی استان بین شهرستانهای متاثر توزیع میشود.
در تبصره این ماده مقرر شد در صورتی که شهرستانهای متأثر از آلودگی در دو یا چند استان واقع شده باشند، اعضاء کمیته توزیعکننده عوارض آلودگی واحدهای بزرگ (پنجاه نفر و بیشتر) متشکل از نماینده سازمان، روسای سازمانهای برنامه و بودجه استانهای ذیربط، نماینده سازمان حفاظت محیط زیست و نماینده ادارات کل مالیاتی استانهای مربوطه بر اساس سیاستهای اعلامی سازمان اقدام به توزیع عوارض آلودگی خواهند کرد.