نمایندگان مردم در خانه ملت همچنین با ماده الحاقی این لایحه مبنی بر تنظیم تقویم آموزشی مدارس برای تعیین تعطیلات زمستانی جهت کاهش آلودگی هوا علیرغم موافقت دولت و تأکید رئیس سازمان حفاظت محیط زیست مبنی بر تحقق تعطیلات زمستانی مدارس برای کاهش آلودگی هوا، تقویت گردشگری و کاهش تراکم جادهای مخالفت کردند.
بر اساس ماده ۳۴ اصلاح شده از تاریخ لازم الاجراء شدن این قانون؛ قانون نحوه جلوگیری از آلودگی هوا مصوب ۳/۲/۱۳۷۴ و اصلاحات و الحاقات بعدی آن، تصمیم قانونی راجع به آیین نامه جلوگیری از آلودگی هوا مصوب ۲۹/۴/۱۳۵۴ کمیسیونهای مشترک مجلسین، بند (۶) ماده (۱۸) قانون حفاظت در برابر اشعه مصوب ۲۰/۱/۱۳۶۸، "قانون تأسیس موسسه استاندارد و تحقیقات صنعتی ایران مصوب ۱۷/۳/۱۳۳۹، قانون موارد الحاقی به قانون تأسیس موسسه استاندارد و تحقیقات صنعتی ایران مصوب ۲۴/۹/۱۳۴۹ و اساسنامه موسسه استاندارد و تحقیقات صنعتی ایران مصوب ۹/۴/۱۳۴۴" نسخ و اصلاحات اعمال می گردد.
نمایندگان در جریان بررسی تبصره ۵ ماده ۱۱ لایحه هوای پاک مبنی بر معافیت ۱۰درصدی واحدهای تولیدی به علت مغایرت با اصل ۷۵ قانون اساسی مخالفت کرده و با حذف این تبصره از لایحه مذکور موافقت کردند.
در تبصره ۵ حذف شده ماده ۱۱ آمده بود: واحدهای تولیدی موضوع این ماده که بر اساس اعلام سازمان و در چهارچوب آیین نامهای که به پیشنهاد سازمان به تصوب هیأت وزیران میرسد، به عنوان واحد برگزیده سبز معرفی میشوند، از پرداخت ده درصد (۱۰%) مالیات عملکرد همان سال معاف می گردند