براساس ماده ۲ لایحه مذکور موضوعات زیر مسائل محوری برنامه است. دولت موظف است طرحها و پروژههای مرتبط با این مسائل و همچنین مصوبات ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی در این حوزهها را در بودجه سالانه اعمال کند.
۱- موضوعات خاص راهبردی در مورد آب و محیطزیست
۲- موضوعات خاص مکان محور درمورد توسعه سواحل مکران و اروند و بازآفرینی بافتهای ناکارآمد شهری (حاشیه شهرها و بافتهای فرسوده) بافتهای تاریخی و مناطق روستایی
۳-موضوعات خاص بخشی پیشروی اقتصاد درمورد معدن و صنایع معدنی، کشاورزی، گردشگری، ترانزیت و حمل و نقل ریلی، فناوریهای نوین، توسعه و کاربست علم و فناوری و انرژی
۴- موضوعات خاص کلان فرآبخشی درمورد بهبود محیط کسب وکار، اشتغال، فضای مجازی، بهرهوری، تأمین منابع مالی برای اقتصاد کشور، نظام عادلانه پرداخت و رفع تبعیض، توانمندسازی محرومان و فقرا(با اولویت زنان سرپرست خانوار)، بیمههای اجتماعی، ساماندهی و پایداری صندوقهای بیمهای و بازنشستگی و پیشگیری و کاهش آسیبهای اجتماعی و اجرای سند تحول بنیادین درباره سبک زندگی ایرانی-اسلامی
۵- توسعه آمادگی دفاعی و امنیتی