در ماده 2 این شیوه نامه آمده است که هر گونه اقدام در جهت تولید، رهاسازی، حمل و نقل داخلی، فرامرزی و عبوری (ترانزیت)، صادرات و واردات موجودات دستکاری شده ژنتیکی منوط به اخذ مجوز یا تاییدیه از سازمان حفاظت محیط زیست است.
همچنین در ماده 3 آن قید شده است، تولید موجودات دستکاری شده ژنتیکی در شرایط آزمایشگاهی، گلخانه ای و آزمایش میدانی از شمول اخذ مجوزماده 2 خارج بوده ولی باید مراتب قبلا به سازمان اطلاع داده شود.
ماده 3 دارای تبصره ای است که تاکید می کند، در شرایط آزمایش های میدانی در نظر گرفتن شرایط محصور الزامی است. این بدین معنا است که باید شرایطی ایجاد شود تا در آن ارتباط موجود دستکاری شده ژنتیکی با محیط طبیعی و کشاورزی به هیچ شکلی میسر نباشد.
در بخش دیگری از این شیوه نامه، مرجع صدور مجوز در سازمان حفاظت محیط زیست، معاونت محیط زیست طبیعی، دفتر موزه تاریخ طبیعی و ذخایر ژنتیکی اعلام شده است.
همچنین در پیوست 1 این شیوه نامه و در بخش دستورالعمل ارزیابی زیست محیطی رهاسازی موجودات دستکاری شده ژنتیکی در محیط زیست و عرصه کشاورزی، تجزیه و تحلیل مخاطرات یک فرآیند یکپارچه و گسترده شامل سه بخش اصلی؛ ارزیابی مخاطرات، مدیریت مخاطرات، مشاهده و رصد مخاطرات و واکنش سریع و به موقع آن ها تعریف شده است.