پس از بحثهای فراوان میان شورای نگهبان و دولت در مورد وضعیت منتخب سوم اصفهان که آرای وی از سوی شورای نگهبان ابطال شده است، امروز علی مطهری در حاشیه نشست فراکسیون امید اعلام کرد که پرونده این مسئله از سوی مقام معظم رهبری به هیات عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه گانه ارسال شده است.
پس از آنکه اختلافات میان محمود احمدینژاد به عنوان رییس دولت با علی لاریجانی و صادق لاریجانی به عنوان روسای قوای مقننه و قضاییه در موضوعات مختلف در جامعه علنی و موجب نارضایتیهایی از اختلافات مسئولان را بوجود آورده بود، مقام معظم رهبری در راستای انجام وظایفشان از جمله حل اختلاف میان قوا، در مرداد سال 1390 دستور تشکیل هیات عالی حل اختلاف و تنظیم قوای سه گانه به ریاست آیتالله هاشمی شاهرودی و عضویت حجتالاسلام ابوترابی، سید مرتضی نبوی، عباسعلی کدخدایی، و سید صمد موسوی را به مدت پنج سال صادر کردند و از مسئولان نظام نیز خواست ضمن رفع اختلافات احتمالی، کمال همکاری را نیز با این هیات داشته باشند.
از موضوعاتی که تاکنون در این هیات مورد بحث و بررسی قرار گرفته و نظر هیات به استحضار مقام معظم رهبری رسیده میتوان به قانون بودجه سال 91، فقدان وجاهت قانونی مکاتبات معاونت نظارت مجلس شورای اسلامی با دولت و لزوم پایبندی به تشریفات مذکور در آیین نامه داخلی مجلس، اختلافات دولت دهم با مجلس در مورد هدفمندی یارانهها، استیضاح وزیر تعاون، کار و رفاه اجتماعی در دولت قبل و موضوع لایجه وکالت و قانون حمایت از آمران به معروف و نهی از منکر در این دوره اشاره کرد.