آن زمان یکی از سران منافقین به اسم تقی شهرام که قتل شریف واقفی به دستور مستقیم او انجام شده بود، دستگیر و کار پرونده او به دیوان‌عالی کشور رسیده بود. شهرام کسی بود که باعث انحراف فکری و عقیدتی کل سازمان شده بود.
چند روز قبل از این ماجرا یکی از دبیران من در مدرسه رفاه تماس گرفت و گفت تو خیلی مدیون من هستی، من به تو زبان فارسی یاد دادم. واقعا هم درست می‌گفت وقتی ما از آلمان آمدیم، زبان فارسی من ضعیف بود. بعد حرفش را این‌طور ادامه داد: الان درخواستی که می‌خواهم آن را به گوش پدرت برسانی. گفت پیش پدر وساطت کن که در حکم شهرام تخفیف بدهند و کاری کنند که حکم او حداقل اعدام نباشد. پدر آن شب دیروقت به خانه آمدند ولی من مسئله را همان موقع با ایشان درمیان گذاشتم و گفتم فلانی تماس گرفته و چنین درخواستی را مطرح کرده است. شهید بهشتی به‌شدت عصبانی شدند. ایشان وقتی عصبانی می‌شدند اهل داد و فریاد نبودند فقط صورتشان به‌شدت برافروخته می‌شد. گفتند این مسئله دست من نیست. این فرد شاکی خصوصی دارد، خانواده شریف واقفی درخواست قصاص کرده‌اند این از عدالت به‌دور است که من بخواهم چنین تخفیفی برای او قائل شوم.
چند روز بعد دوباره دبیرمان تماس گرفت پرسید که چه شد؟ با پدرت صحبت کردی؟ من گفتم ایشان می‌گویند کاری از من برنمی‌آید و ایشان شاکی خصوصی دارد و قاضی حکم را صادر کرده است اگر من بخواهم تخفیف قائل شوند به‌دور از انصاف و عدالت است. این خانم گفت پس منتظر عواقبش باشید.
به گزارش خبرداغ ، کیهان به نقل از «ملوک السادات حسینی بهشتی» فرزند ارشد شهید مظلوم آیت‌الله دکتر سید محمد بهشتی نوشت:مدتی بود که منافقین با منزل ما تماس می‌گرفتند و می‌گفتند حتما بهشتی را از بین می‌بریم. مادر بابت این ماجرا خیلی اعصابشان به هم ریخته بود.
