مدیر حوزه علمیه دارالحکمه شهید اشرفی اصفهانی ادعاهای اشرفی اصفهانی درباره حمله برخی طلاب را دروغ می خواند و می گوید: حوزه علمیه تعطیل شود چه چیزی قرار است جای آن احداث شود، مغازه های جدید؟

اشرفی اصفهانی در نامه ای به مدیر حوزه های علمیه کشور نوشت: بسیار متاسفم در نظام جمهوری اسلامی افرادی تحت لباس روحانی از هیچ جنایتی فروگذاری نکرده‌اند با تخریب موسسه فرهنگی شهید محراب و پایین کشیدن تابلو عکس شهید محراب و اهانت به آن عالم و یار امام و تخریب انبار کتابخانه عمومی مسجد و بستن درب پارکینگ عمومی مسجد و پلمب کردن تأسیسات مسجد از هیچ کار زشتی فروگذاری در این چند روز فروگذاری نکرده‌اند آیا این افراد طلبه هستند یا اراذل اوباش؟

محمد اشرفی‌اصفهانی، مسئول حوزه علمیه اشرف‌اصفهانی می‌گوید آقای پناهیان جایی را تحت عنوان «دارالحکمه» تأسیس کردند و از موقعیت و جایگاه حوزه ما استفاده کردند؛ یعنی در‌واقع ایشان مکان حوزه علمیه اشرفی‌اصفهانی را به‌عنوان مؤسسه دارالحکمه غصب کردند.