جان بولتون در سال 2003 به عنوان معاون ‏وزیرخارجه جرج بوش در حوزه کنترل تسلیحات زمینه خروج آمریکا را از چارچوب توافق شده برای خلع ‏سلاح کره شمالی را فراهم کرد. بولتون بعدا در اظهاراتی بیان کرد که به اطلاعاتی دست یافته است کره ‏شمالی برنامه سانترفیوژ خود را پنهان کرده است. وی بوش را به جای پیگیری دیپلماسی به عقب نشینی از ‏توافق متقاعد کرد. وی نوشت: «این پتکی بود که من دنبالش بودم.»