طبق گزارش های رسمی مامور کمیته ویژه بررسی این سانحه، مقصر اصلی در حادثه قطار سمنان (سی تی سی) متصدی مرکز کنترل تهران-مشهد در ایستگاه شاهرود است.
براساس این گزارش؛ در بررسی همه جوانب موضوع، علت وقوع سانحه این است که قطار را از حالت کنترل خودکار خارج کردند و روی کنترل دستی گذاشتند و چون قطار در حالت دستی قرار گرفت، به قطار سمنان اجازه حرکت داده میشود و به قطار تبریز ـ مشهد که به خاطر خرابی ترمز در ۸ کیلومتر جلوتر متوقف بود، برخورد میکند و در واقع مأمور ایستگاه به اشتباه به این قطار اجازه حرکت میدهد و آن حادثه به وجود میآید.
علت وقوع سانحه و حادثه این است که حرکت قطار را از حالت خودکار خارج کرده و بر روی دستی گذاشتهاند، عمدی در کار نبوده و فقط خطای حرفهای بوده است.